Продолжение серии игр про отважного Megamanа, теперь под цифрой 5. Мегаман продолжает свою борьбу с доктором Вайли. События происходят примерно через два месяца после 4-й части. Доктор Вайли атаковал родной город героев игры. В этом ему помогает Протомен, тайный брат и некогда союзник величайшего героя мира МегаМана. Он возглавляет армию роботов и проводит серию разрушительных атак на мир. Кроме того, Протомен похищает своего собственного создателя, гениального ученого доктора Лайта. И Мегаману, вооруженному усовершенствованным гипербластером, приходится вновь отправится в бой.